Su kalitesini değerlendirmek için indikatör organizmaların kullanılmasında iki zorluk vardır. Birincisi, indikatör organizmaların yokluğu mutlaka patojenlerin yokluğu anlamına gelmez. Bu, indikatör organizmalar tarafından tespit edilmeyen çok sayıda patojenin mevcut olması veya numune alma sırasında indikatör organizmaların mevcut olmaması durumunda ortaya çıkabilir. İkincisi, indikatör organizmaların varlığı mutlaka patojenlerin varlığına işaret etmez. Bu, gösterge organizmalarının ilgili patojenle doğrudan ilişkili olmaması veya gösterge organizmalarının çevre koşullarına ilgili patojenden daha dirençli olması durumunda meydana gelebilir.