Evet, klamidya bazen muayeneyle tespit edilemeyebilir. Bunun nedeni, klamidyanın Chlamydia trachomatis adı verilen bakterilerin neden olduğu cinsel yolla bulaşan bir enfeksiyon (CYBE) olmasıdır. Bu bakteriler herhangi bir belirtiye neden olmadan aylarca vücutta yaşayabilir, dolayısıyla birisinin bilmeden klamidyaya yakalanması mümkündür. Ek olarak, bakteriler rahim ağzı, üretra veya rektum gibi kolayca görülemeyen veya erişilemeyen alanlarda saklanabildiğinden, muayene sırasında klamidyanın tespit edilmesi bazen zor olabilir.