Örneğin allojenik kemik iliği naklinde, kemik iliği hücreleri bir donörden alınır ve bağışıklık sistemi zayıflamış veya hasar görmüş bir alıcıya nakledilir. Donör ve alıcı farklı genetik geçmişe sahip olduğundan, nakledilen kemik iliğindeki bağışıklık hücreleri, alıcının dokularını yabancı olarak tanıyabilir ve grefte karşı bir bağışıklık tepkisi başlatabilir. Bu immünolojik uyumsuzluk, allojenik transplantasyonda ciddi bir komplikasyon olan graft-versus-host hastalığına (GVHD) yol açabilir.
GVHD riskini en aza indirmek ve başarılı greftin kabulünü sağlamak için donör ile alıcı arasında dikkatli bir eşleşme gereklidir. Bu, alıcı için mümkün olan en iyi eşleşmeyi sağlamak amacıyla doku uyumluluğu (HLA uyumu), kan grubu uyumluluğu ve diğer genetik belirteçler gibi faktörlerin değerlendirilmesini içerir.