Kolonoskopi için vücudun pozisyonu tipik olarak dizler bükülmüş ve göğse doğru çekilmiş halde sol tarafta yatmaktadır. Bu pozisyon kolonun açılmasına yardımcı olur ve kolonoskopun yerleştirilmesini ve hareket etmesini kolaylaştırır. İşlem sırasında hastanın sırt üstü dönmesi veya sağ tarafına yatması da istenebilir.