Adet kanı kolon ve rektumun bölgelerini gizleyebilir, bu da doktorun iltihaplanma, ülser veya polip gibi anormal dokuları görmesini zorlaştırabilir. Bu, potansiyel sorunların gözden kaçırılma veya koşulların yanlış teşhis edilmesi riskini artırabilir. Ek olarak adet kanının varlığı, işlem sırasında kullanılan hazırlık sıvılarının seyreltilmesine veya yıkanmasına neden olarak muayenenin kalitesini bozabilir.
Ayrıca, bazı kadınlar adet döngüsü sırasında karın bölgesinde rahatsızlık ve kramplar yaşayabilir, bu da işlemin tolere edilmesini zorlaştırabilir.
Bu nedenlerden dolayı genellikle adet döngüsü sırasında mümkünse kolonoskopi yaptırmaktan kaçınılması önerilir. Kolonoskopi planlamak için en iyi zaman genellikle adet döngüsünün sonu ile bir sonraki döngünün başlamasından önceki hafta arasındadır.