IgA, patojenlerin mukozal yüzeylere tutunmasını önleyerek ve toksinleri nötralize ederek mukozal bağışıklıkta hayati bir rol oynar. Patojenleri ortadan kaldırmak için kompleman aktivasyonu ve fagositoz gibi diğer bağışıklık mekanizmalarını da aktive eder. Ek olarak IgA, antijenleri mukozal epitel hücreleri boyunca taşıyabilir, bağışıklık gözetimini ve bağışıklık tepkilerinin indüklenmesini kolaylaştırabilir.