Yağ kisti basitse, küçükse ve kolayca erişilebilen bir bölgede bulunuyorsa, klinik veya doktor muayenehanesi ortamında çıkarılabilir. Bu genellikle cilt ve saç bozuklukları konusunda uzmanlaşmış bir sağlık uzmanı olan bir dermatolog tarafından yapılır. İşlem sırasında doktor, kisti boşaltmak ve keseyi çıkarmak için deride küçük bir kesi yapmadan önce bölgeyi uyuşturmak için lokal anestezi kullanabilir.
Daha karmaşık yağ kistlerinin, özellikle de büyük, derin yerleşimli veya enfekte olanların hastane ortamında çıkarılması gerekebilir. Bu gibi durumlarda, operasyon sırasında hastanın bilinçsiz ve ağrısız kalması için genel anestezi yapılması gerekebilir. Ameliyatın gerçekleştirilmesinde bir cerrah yer alabilir ve hastanın işlem sonrasında gözlem için hastanede kalması gerekebilir.
Kisti değerlendirmek ve uygun ayarı ve çıkarma prosedürünü belirlemek için bir sağlık uzmanına danışmak önemlidir.