Proktokolektomiden sonraki ilk iyileşme aşamasında hastalar ağrı, yorgunluk, bulantı, kusma ve idrar yapmada zorluk yaşayabilir. Kan pıhtılarını önlemek için ağrı kesici ilaçlar, antibiyotikler ve kan sulandırıcı ilaçlar almaları gerekecektir. Ayrıca hafif bir diyet yemeleri ve bol miktarda sıvı içmeleri gerekecek.
Hastaneden taburcu olduktan sonra hastaların ilaçlarını almaya devam etmeleri ve ilerlemelerini takip etmek için düzenli olarak doktorlarına görünmeleri gerekecek. Güçlerini ve hareketliliklerini yeniden kazanmalarına yardımcı olmak için fizik tedaviye de katılmaları gerekebilir. Çoğu kişi ameliyattan sonraki 3 ila 6 ay içinde normal aktivitelerine dönebilir. Ancak bazı kişilerde ishal, idrar kaçırma ve cinsel işlev bozukluğu gibi uzun süreli yan etkiler görülebilir.
Proktokolektomiden duygusal iyileşme zor olabilir. Hastalar vücutlarında meydana gelen değişiklikler nedeniyle kendilerini kızgın, üzgün veya bunalmış hissedebilirler. Ayrıca yeni yaşam tarzlarına uyum sağlamada ve bazen bağırsak ameliyatıyla ilişkilendirilen damgalanmayla baş etmede zorluk yaşayabilirler. Destek grupları ve danışmanlık bu duygusal zorluklarla başa çıkmada yardımcı olabilir.