Lobotominin etkileri yıkıcı olabilir. Kişinin duygusal açıdan donuklaşmasına, kayıtsız kalmasına ve net bir şekilde düşünememesine veya mantık yürütememesine neden olabilir. Ayrıca nöbetler, idrar kaçırma ve konuşma güçlüğü yaşayabilirler. Bazı durumlarda lobotomi ölüme bile yol açabilir.
Lobotominin kullanımı son yıllarda önemli ölçüde azalmıştır ve artık yalnızca çok nadir durumlarda kullanılmaktadır. Akıl hastalıkları için beyin dokusunun tahrip edilmesini gerektirmeyen daha birçok etkili tedavi vardır.