Otopsinin ardından iç organlar genellikle daha ileri inceleme ve analiz için vücuttan çıkarılır. Gerekli numune veya ölçümler alındıktan sonra, teşhis açısından önem taşımayan veya ailenin isteği doğrultusunda organlar genellikle atılır. Yerel yasa ve düzenlemelere bağlı olarak organlar, otopsi prosedürünün ardından imha edilebilir veya yakılabilir.
Beyin:
Tıbbi-yasal araştırmalar veya nörolojik durumları içeren durumlar gibi belirli durumlarda, otopsi sırasında beynin incelenmesi gerekebilir. Kapsamlı bir incelemeden sonra beyin normalde uygun şekilde atılır veya korunur. İnsan dokularının yönetimini ve ölüm sonrası numunelerin imhasını düzenleyen ilgili yasal normlara ve düzenlemelere başvurmak önemlidir.