Bir MRI'da hidrojen atomlarının hizalanması işlemine mıknatıslanma denir. Tipik olarak süper iletken bir mıknatıs tarafından üretilen güçlü ve düzgün bir manyetik alanın uygulanmasıyla elde edilir. Bu manyetik alanın gücü Tesla (T) cinsinden ölçülür. Daha yüksek manyetik alan güçleri, hidrojen atomlarının daha iyi hizalanmasına ve dolayısıyla daha yüksek kaliteli MRI görüntülerine yol açar.
Hidrojen atomları hizalandıktan sonra, MRI için gerekli sinyalleri üretmek üzere radyofrekans (RF) darbeleri kullanılarak manipüle edilebilirler. Bu RF darbeleri, hidrojen atomlarının hizalamasını kısa süreliğine bozarak onların "dönmelerine" veya dönüş yönlerini değiştirmelerine neden olur. RF darbeleri kapatıldığında, hidrojen atomları manyetik alanla yeniden hizalanarak radyo dalgaları biçiminde enerji açığa çıkar. Bu radyo dalgaları MRI tarayıcısı tarafından tespit edilir ve görüntü oluşturmak için kullanılır.
Manyetik alanın ve RF darbelerinin zamanlamasını ve gücünü hassas bir şekilde kontrol eden MRI, vücudun farklı bölgelerindeki hidrojen atomlarından gelen sinyalleri seçici olarak uyarabilir ve tespit edebilir. Bu bilgi daha sonra anatomi ve fizyolojiye dair değerli bilgiler sağlayan, çeşitli tıbbi durumların tanı ve takibine yardımcı olan ayrıntılı kesitsel görüntüler oluşturmak için kullanılıyor.