İçinde küf bulunan vanilyanın kullanılması tavsiye edilmez. Küf, zararlı toksinler üretebilen bir mantar türüdür ve küflü yiyeceklerin tüketilmesi hastalığa neden olabilir. Vanilya çekirdekleri küflendiğinde, gıda güvenliğini sağlamak için bunları atmak en iyisidir.