Pilokarpin bağırsaktaki muskarinik kolinoreseptörleri uyararak lümen içine sıvı ve elektrolit salgısının artmasına yol açar. Bu ishale ve karın ağrısına neden olabilir. Ayrıca pilokarpin bağırsağın tonunu ve hareketliliğini de artırabilir ve bu da bu etkilere katkıda bulunabilir.
Pilokarpinin bağırsak üzerindeki etkileri tipik olarak doza bağımlıdır ve kişiye göre değişebilir. Genel olarak pilokarpinin ishal veya karın ağrısı gibi gastrointestinal rahatsızlıkları olan hastalarda kullanılması önerilmez.