Sıtmanın kökenleri tam olarak belli değil ancak Sahra altı Afrika'dan kaynaklandığına inanılıyor. Sıtma parazitlerinin kanıtları, yaklaşık 20 milyon yıl önce Miyosen dönemine kadar uzanan fosilleşmiş sivrisineklerde bulunmuştur. Bu fosiller Dominik Cumhuriyeti'nde keşfedildi ve sıtmanın insanların gelişinden önce Amerika'da mevcut olabileceğini öne sürüyor. Ancak sıtmanın kesin coğrafi kökeni belirsizliğini koruyor.