HFMD'nin yüzme havuzlarından yayılabilmesine rağmen genellikle havuza özgü bir hastalık olarak kabul edilmediğini unutmamak önemlidir. Virüs ayrıca enfekte bir kişiyle dokunma, nesneleri paylaşma veya öksürme ve hapşırma gibi yakın temas yoluyla da yayılabilir.
Yüzme havuzlarında HFMD'nin yayılmasını önlemek için havuz operatörlerinin düzenli olarak klor seviyelerini izleyerek ve uygun pH dengesini sağlayarak uygun su kalitesi ve sanitasyonu sürdürmeleri önemlidir. Ayrıca elleri sık sık yıkamak, öksürürken ve hapşırırken ellerin kapatılması gibi iyi hijyen uygulamaları da virüsün yayılma riskini azaltmaya yardımcı olabilir.