Genel olarak otopsi raporları tıbbi kayıtlar olarak kabul edilir ve diğer tıbbi bilgilerle aynı saklama şartlarına tabidir. Birçok hastane ve sağlık tesisi, kayıt saklama sürelerini belirlerken Amerikan Sağlık Bilgi Yönetimi Birliği'nin (AHIMA) yönergelerini veya diğer ilgili endüstri standartlarını takip eder.
AHIMA kurallarına göre otopsi raporları, otopsi tarihinden veya hastanın ölümünden (hangisi daha sonraysa) sonra en az 10 yıl süreyle saklanmalıdır. Bazı yargı bölgelerinin farklı gereksinimleri olabilir; bu nedenle hastanelerin hukuk müşavirlerine danışması ve yerel düzenlemelere uyması önemlidir.
Hastanelerin, saklama süresinin yanı sıra otopsi raporlarının saklanması, erişilmesi ve imha edilmesine ilişkin politikaları da olabilir. Örneğin otopsi raporları, ölen kişinin mahremiyetinin korunması amacıyla sınırlı erişime sahip güvenli yerlerde saklanabilir. Hastanelerin ayrıca, saklama süresi sona erdikten sonra otopsi raporlarının imha edilmesi veya kimlik bilgilerinin silinmesi yönünde prosedürleri olabilir.