Bu teknikler, genomun farklı bölgeleri arasındaki fiziksel etkileşimlerin sıklığını ölçerek, yüksek dereceli kromatin yapısına ve uzun vadeli düzenleyici etkileşimlere ilişkin bilgiler sağlar. Yaygın olarak kullanılan Hi-C ve ilgili tekniklerden bazıları şunlardır:
1. Hi-C (Yüksek verimli kromatin konformasyon yakalama):
Bu orijinal ve en yaygın kullanılan Hi-C tekniğidir. Etkileşen kromatin bölümlerinin çapraz bağlanmasını, DNA'nın parçalanmasını ve ardından DNA parçalarının birbirine bağlanmasını içerir. Bağlanan parçalar daha sonra dizilenir ve elde edilen veriler, genom çapında bir etkileşim haritası oluşturmak için kullanılır.
2. 5C (Dairesel kromozom konformasyon yakalama):
Bu teknik Hi-C'ye benzer ancak dairesel DNA parçalarıyla sonuçlanan farklı bir kütüphane hazırlama yöntemi kullanır. Daireselleştirme, uzun menzilli etkileşimlerin daha verimli yakalanmasına olanak tanır ve genomun belirli bölgelerinde daha yüksek çözünürlüklü veriler sağlayabilir.
3. ChIA-PET (eşleştirilmiş uç etiket sıralamasıyla kromatin etkileşim analizi):
Bu teknik, spesifik proteinler veya histon modifikasyonları ile ilişkili uzun menzilli etkileşimleri tanımlamak için kromatin immünopresipitasyonunu (ChIP) Hi-C ile birleştirir. Belirli transkripsiyon faktörlerinin veya diğer düzenleyici proteinlerin hedef genlerle etkileşimlerini haritalamak için kullanılabilir.
4. PLAC-seq (Yakınlık ligasyonu destekli kromatin dizilimi):
Bu teknik, sekanslamadan önce etkileşim halindeki DNA parçalarını yakalamak için yakınlık ligasyonunu kullanır. Geleneksel Hi-C yöntemlerine kıyasla etkileşimlerin daha yüksek çözünürlükte tespit edilmesini sağlar ve etkileşimli dizilerin yönelimi hakkında bilgi sağlayabilir.
5. Hi-C'yi yakalayın:
Bu teknik, ilgilenilen spesifik genomik bölgeler arasındaki etkileşimleri zenginleştirmek için biyotinlenmiş RNA problarını kullanır. Capture Hi-C, belirli lokusları hedef alan problar tasarlayarak, genomik etkileşimlerin bölgeye özgü bir şekilde hedeflenen analizine olanak tanır.
Bu tekniklerin her biri genomun üç boyutlu organizasyonu hakkında değerli bilgiler sağlar ve gen regülasyonu, kromatin dinamiği ve nükleer mimariyi anlamamıza katkıda bulunmuştur. Tekniğin seçimi genellikle spesifik araştırma sorusuna ve arzu edilen çözünürlük ve haritalanabilirlik düzeyine bağlıdır.