HIV vücuda girdiğinde, bu önemli T hücrelerini enfekte edip yok eder, bu da vücudun kendisini çok çeşitli enfeksiyonlara karşı savunma yeteneğini azaltır. Enfeksiyon ilerledikçe HIV, bağışıklık sistemine, vücudun küçük enfeksiyonlar ve hastalıklarla bile etkili bir şekilde mücadele edemeyeceği noktaya kadar zarar verebilir ve kişiyi, bazıları yaşamı tehdit edebilen çeşitli hastalıklara karşı savunmasız hale getirebilir.
HIV zamanla bağışıklık sistemini zayıflatır ve edinilmiş bağışıklık yetersizliği sendromu (AIDS) adı verilen bir duruma yol açar. AIDS, HIV enfeksiyonunun en ileri aşamasıdır ve bağışıklık sistemi ciddi şekilde zayıfladığında ve vücudu fırsatçı enfeksiyonlara ve belirli kanser türlerine karşı artık etkili bir şekilde savunamadığında ortaya çıkar.