Öte yandan anti-kardiyolipin antikorları (aCL), kardiyolipin adı verilen belirli bir fosfolipidi hedef alan spesifik bir antifosfolipid antikor türüdür. Kardiyolipin hücrelerin iç mitokondriyal zarında bulunur. Anti-kardiyolipin antikorları, özellikle antifosfolipid sendromu olarak adlandırılan, kan pıhtılaşma sorunları ve tekrarlayan düşükler gibi gebelik komplikasyonları ile karakterize edilen bir otoimmün bozukluk olan bir sendromla ilişkilidir.
Anti-kardiyolipin antikorları bir tür antifosfolipid antikorları olsa da, tüm antifosfolipid antikorları anti-kardiyolipin antikorları değildir. Anti-beta2-glikoprotein I antikorları, anti-fosfatidilserin antikorları ve anti-fosfatidik asit antikorları gibi farklı fosfolipidleri hedef alan başka antifosfolipid antikor türleri de vardır.
Antifosfolipid sendromu gibi otoimmün bozukluklarda, anti-kardiyolipin antikorları da dahil olmak üzere antifosfolipid antikorlarının varlığı, kan pıhtılaşması ve gebelik komplikasyonları riskinde artışla ilişkilidir. Ancak bu antikorların bu sonuçlara neden olduğu mekanizmalar tam olarak anlaşılamamıştır ve daha fazla araştırma devam etmektedir.