Örneğin hipotalamus vücut sıcaklığının çok yüksek olduğunu algılarsa beyin sapına sinyaller göndererek vücudun terlemesini ve ısıyı serbest bırakmasını sağlar. Hipotalamus vücudun çok soğuk olduğunu algılarsa beyin sapına sinyaller göndererek vücudun titremesini ve ısıyı korumasını sağlar.
Hipotalamus ayrıca hipofiz bezinden hormon salınımını da kontrol eder. Hipofiz bezi genellikle endokrin sistemin "ana bezi" olarak adlandırılır çünkü diğer endokrin bezlerden hormon salınımını kontrol eder. Hipotalamus, hipofiz bezine sinyaller göndererek hipofiz bezinden hormon salınımını kontrol eder.
Örneğin hipotalamus vücudun daha fazla büyüme hormonuna ihtiyaç duyduğunu algılarsa, hipofiz bezine büyüme hormonu salgılaması için sinyaller gönderir. Hipotalamus vücudun daha fazla tiroid hormonuna ihtiyaç duyduğunu algılarsa hipofiz bezine tiroid hormonu salgılaması için sinyaller gönderir.
Hipotalamus, beynin birçok farklı vücut fonksiyonunu kontrol eden çok önemli bir parçasıdır. Otonom sinir sistemi ve endokrin sistem, hipotalamusun kontrol ettiği en önemli sistemlerden ikisidir.