Evet, botulizm endosporları ısıyla yok edilebilir. Isıya karşı oldukça dirençlidirler ancak en az 10 dakika boyunca kaynatmak (100°C veya 212°F) endosporları yok eder. Evde konserve talimatlarının her zaman kaynatılmasını gerektirmesinin nedeni budur. Kapalı kutularda olduğu gibi oksijenin bulunmadığı durumlarda, endosporları etkili bir şekilde yok etmek için kaynatma süresinin 20-25 dakikaya uzatılması gerekir. Yüksek ısı, endosporun yapısını ve bileşimini bozar, özellikle de yeni bakteri hücrelerinin hücre çoğalmasına yol açabilecek çimlenen endospordaki enzimleri bozar.