AutoDocktemel unsurları destekler: H , C, N , O , K , Mg, P , S, Cl, Ca, Mn, Fe , Zn, Br ve I Bunlar parametrize edilmiş onların fiziksel özellikleri , nitelikleri ve diğer elemanlara tepkiler tanır , böyleceprogram dahilinde . Bu temel elemanların bir molekül oluşturmak için kullanılan ve bir bağlayıcı uygulama ya da bir çözücü ile test edilebilir. Örneğin , bir öğrenci bir oksijen molekülü , H2O iki hidrojen molekülleri işaret eder ve onun bağlayıcı oranına karşı bu su molekülü test etmek mümkün olacaktır .
AutoDock Bağlama kimyasallar ve bağlama öğeleri veya yanaşma çeşitli destekler ,yerleştirme elemanınınadı ve veya etiketuygun elemanı bulmak ve seçmek içinkullanıcı arayüzü içine yazılmalıdır . AutoDock , görünüm yardımcı izlemek veyapıştırma işlemini hızlandırmak için tasarlanmış bir araç sistemi sağlar . Yapı bazlı ilaç tasarımı , kurşun optimizasyon, sanal tarama (HTS) , birleştirici bir kütüphane tasarım, protein -protein yerleştirme ve kimyasal mekanizma çalışmalar , bu X- ışını kristalografisi içerir. Bu, bir öğrencininelemanları ile çalışmak veen iyi ve en doğru test sonuçları elde böylece .
Izgara Otelleri Haritası
AutoDock grid
veya Izgara Haritası eşleştirmek ve bağlayıcı ile maç elemanları için kullanılır; bunu yapmak için ,öğrenciızgara üzerinde bulmak için tek bir harf biçimindeelemanınkimyasal adını girmeniz gerekir . Izgara üzerinde Elemanları zaten okudu ve test edilmiş ve bunların çevreleri önceden tanımlanmış olan olmuştur . Bu, bir öğrencinin basitçe bilgilerinizi girmek zorunda kalmadan bir atom ve bağlayıcı seçmenizi sağlar . AutoDock Izgara Harita dolayısıyla bağlanma oranı test ederken bir öğrenciatomunözellikleri ve çevrelerinin hakkında bilgi sağlar .
Bir öğrenci bir unsuru var mı Elements ekleme bu henüz AutoDock sistemine girmiş olmamıştır , onlar sözatom hakkındatam detaylı bilgi AutoDock öncesi varolan çevre dosyasını kullanarak girebilirsiniz . Bu daha sonra test edilmeden önce doğruluk için yeniden kalibre , AutoDock yükledi ve kalibre edilmelidir . Ancak, bir ekleme elemanıelemanın hareket ve diğer atomuna sahip hem de birleştirme işlemi sırasında nasıl tepki vereceğini ve derinlemesine bir bilgi gerektirir unutulmamalıdır .