Mikroskop altında mikroorganizmalar görünürlüklerini arttırmak ve yapılarını incelemek için boyalarla boyanabilir. Farklı leke türleri, mikroorganizmaların belirli bileşenlerine bağlanarak onları mikroskop altında görünür hale getirebilir. Örneğin Gram boyama, Gram pozitif bakterileri (mor görünen) Gram negatif bakterilerden (kırmızı görünen) ayıran yaygın bir tekniktir.
Bununla birlikte, bakteriler, mantarlar, virüsler, protozoalar ve daha fazlası dahil olmak üzere çok çeşitli mikroorganizmaları kapsadıkları için tüm mikroplara tek bir renk atamanın bilimsel olarak doğru olmadığını unutmamak gerekir. Bu organizmaların rengi, türlerine ve özelliklerine bağlı olarak büyük ölçüde değişebilir.